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    動(dòng)植物基因組重測序

    對已知基因組序列的物種進(jìn)行高通量測序,獲得大量可遺傳的變異信息,實(shí)現遺傳進(jìn)化分析及重要性狀候選基因的預測。

    變異檢測(二代測序/三代測序)

    對已知基因組序列的物種進(jìn)行不同個(gè)體的基因組測序,通過(guò)序列比對可以檢測到大量變異信息,包括單核苷酸多態(tài)性(SNP)、插入缺失(InDel)、結構變異(SV)和拷貝數變異(CNV)等,在全基因組水平上發(fā)現不同個(gè)體或組織細胞之間的差異信息,從而獲得生物群體的遺傳特征。

    群體進(jìn)化(二代測序/三代測序)

    通過(guò)獲得某物種自然群體各亞群的SNP、InDel、CNV和SV等變異信息,解析群體的遺傳多樣性、遺傳結構、群體進(jìn)化動(dòng)態(tài)等生物學(xué)問(wèn)題,從分子層面深入研究該物種的進(jìn)化歷程。

    GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析(二代測序/三代測序)

    全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome Wide Association Study,GWAS)通過(guò)對多個(gè)個(gè)體在全基因組范圍內的遺傳變異(標記)多態(tài)性進(jìn)行檢測,獲得基因型,進(jìn)而將基因型與可觀(guān)測的性狀(表型),進(jìn)行群體水平的統計學(xué)分析,根據統計量或顯著(zhù)性P值篩選出最有可能影響該性狀的遺傳變異(標記),挖掘與性狀變異相關(guān)基因。

    BSA性狀定位(二代測序)

    BSA(Bulked segregation analysis)即混合分組分析,也稱(chēng)分離群體分組分析,是一種通過(guò)在群體中挑選極端或代表性性狀(單一性狀)的個(gè)體組成混池進(jìn)行分析的方法。通過(guò)研究混池之間等位基因/分子標記頻率的差異,將與性狀相關(guān)的位點(diǎn)在基因組上進(jìn)行定位。

    指紋圖譜(二代測序)

    通過(guò)SNP標記觀(guān)察樣品中DNA的獨特的模式來(lái)識別個(gè)體的方法,可提供豐富的個(gè)體特異性遺傳標記,對于品種鑒定與知識產(chǎn)權的保護、品種親緣關(guān)系和分類(lèi)研究具有重要意義。

    核心種質(zhì)(二代測序)

    采用一定方法,從保存的種質(zhì)資源中抽取一個(gè)核心子集,以較少的遺傳資源樣本量最大限度地保存代表整個(gè)資源群體的遺傳多樣性,同時(shí)代表了整個(gè)群體的地理分布。

    應用方向
    • 分子育種:表型性狀定位、基因分型、分子標記開(kāi)發(fā)、優(yōu)質(zhì)基因資源篩選、功能基因挖掘、突變位點(diǎn)鑒定、基因資源及遺傳多樣性研究;
    • 進(jìn)化研究:物種進(jìn)化、馴化及改良研究、種群歷史研究、作物的起源研究、動(dòng)物的遷徙研究;
    • 生理機制研究:抗逆與抗病研究、動(dòng)植物生殖發(fā)育研究、致病機理研究;
    產(chǎn)品優(yōu)勢
    超大規模的測序平臺

    擁有2臺Illumina NovaSeq X Plus和16臺 Illumina NovaSeq 6000、5臺PacBio Revio 和21臺 PacBio Sequel II/IIe等國際主流的二三代高通量測序平臺,通量高、周期快、產(chǎn)出穩定

    專(zhuān)業(yè)的方案設計

    從材料選取、建庫、測序再到數據分析,每一步都有專(zhuān)業(yè)的人員輔助科學(xué)、縝密的方案設計,以保障高質(zhì)量研究成果

    豐富的項目經(jīng)驗

    貝瑞基因擁有數萬(wàn)例的動(dòng)植物基因組重測序樣本分析經(jīng)驗,參與棉鈴蟲(chóng)進(jìn)化研究(The Innovation)、菜豆遺傳位點(diǎn)鑒定(Nature Genetics)等多篇頂級期刊文章發(fā)表

    完善的分析內容

    貝瑞基因不僅可以提供動(dòng)植物基因組重測序標準分析服務(wù),還可以根據項目需求選擇最適宜的分析軟件,提供個(gè)性化分析服務(wù)

    一站式科研服務(wù)流程

    經(jīng)驗豐富的碩博團隊為您提供動(dòng)植物基因組重測序項目方案設計、生物信息學(xué)分析、項目進(jìn)展定時(shí)匯報及售后問(wèn)題解答等一站式科研服務(wù),保證高質(zhì)量的結果交付

    案例解析

    結構變異在基因組上的分布特征及其與相鄰基因表達的關(guān)系

    結構變異導致的大規?;虮磉_改變驅動(dòng)甘藍形態(tài)多樣化

    SVs在調控基因表達過(guò)程中發(fā)揮著(zhù)重要的作用。2024年發(fā)表在Nature Genetics 的甘藍泛基因組研究通過(guò)PacBio HiFi等測序技術(shù)比較了27個(gè)甘藍基因組的序列差異,發(fā)現不同甘藍變種基因組之間存在大量的結構變異(SVs),且大多數(73%)SVs位于基因上下游區域。研究發(fā)現約70%的基因表達變化與SVs的狀態(tài)相關(guān),SVs既可以促進(jìn)基因的表達,也可以抑制基因的表達,促進(jìn)基因表達的SVs中含有顯著(zhù)多的轉錄因子結合位點(diǎn),而抑制基因表達的SVs具有顯著(zhù)高的DNA甲基化修飾水平。這些結果說(shuō)明甘藍變種間大量存在的SVs通過(guò)調控相鄰基因的表達推進(jìn)甘藍變種多樣性的形成。

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